Свое начало история Центра берет в 1956 году, с момента создания Детской спортивной школы отдела народного образования (официальная дата — 01.04.1956). Нельзя не отметить заслугу заслуженного учителя РСФСР Евгении Антоновны Дядиной в создании этой школы. Огромный вклад в развитие школы был сделан и одним из первых ее директоров Аркадием Поликарповичем Ишковым и его заместителем — Прозоровской Анной Николаевной. Футбол, баскетбол, волейбол, гандбол – были первыми видами спорта, которые развивали в школе. Позже к ним были добавлены настольный теннис, гребля на байдарках и каноэ, пулевая стрельба и другие виды спорта. На протяжении 20 лет возглавлял краевую детско-юношескую спортивную школу, клуб «Заслуженный тренер РСФСР», «Заслуженный работник физической культуры Российской Федерации», «Заслуженный работник народного образования», «Мастер спорта СССР» – Юрий Николаевич Корчагин.
В 1991 г. краевая детско-юношеская спортивная школа переименована в краевой детско-юношеский клуб физической подготовки «Маугли». На основании постановления главы администрации Краснодарского края от 4 апреля 1999 года учреждение было реорганизовано в краевую детско-юношескую спортивную школу, которую до 2004 года возглавлял Валерий Дмитриевич Гассий — ЗМС, Олимпийский чемпион по гандболу. За заслуги в развитии высшего спортивного мастерства в 2004 г. Краевой ДЮСШ был присвоен статус «Краевая специализированная детско-юношеская спортивная школа олимпийского резерва «Юность России», руководителем которой стала Людмила Александровна Чернова — ЗМС, Олимпийская чемпионка по легкой атлетике. В 2009 году ГУ ДОД СДЮСШОР «Юность России» КК возглавил Константин Борисович Демчук. СДЮСШОР «Юность России» являлась координационно-инспектирующим центром спортивной, методической и физкультурно-массовой работы в учреждениях общего и дополнительного образования Краснодарского края. Основная задача школы заключалась в организации совместной работы с учреждениями дополнительного образования детей физкультурно-спортивной направленности в муниципальных образованиях края, ориентированных на оздоровление и физическое воспитание учащейся молодежи. Цели образовательного процесса школы были направлены на организацию общей физкультурно-оздоровительной работы с учащимися, организацию и проведение спортивных и физкультурно-массовых мероприятий для учащихся края, подготовку сборных команд края по видам спорта в соревнованиях Министерства образования России, подведение итогов спортивной работы среди СДЮСШОР, ДЮСШ, Центров. «Юность России» проводила конкурсы «Лучший тренер года» по видам спорта, «Сердце отдаю детям», «Спорт вместо наркотиков», мероприятия по повышению квалификации и аттестации работников спортивных школ, краевые совещания и семинары. Одной из важных функций было организация летней спортивно-оздоровительной работы в спортивных школах Краснодарского края, оказание методической помощи учреждениям дополнительного образования спортивной и физкультурной направленности. По итогам спортивной работы ГУ ДОД СДЮСШОР «Юность России» КК департамента образования и науки являлось ведущей школой России. В течение 15 лет школа занимала 8 раз 1 место, 2 раза — 2 место. Победители и призеры всероссийских соревнований и первенств России в составах сборных команд России по видам спорта участвовали в первенствах Европы и мира. В конце 2010 года «Юность России» была переименована в ГУ КК «Центр развития физической культуры и спорта системы образования». Если ранее учреждение осуществляло организацию спортивно-массовых мероприятий, разработку методических рекомендаций и предложений по совершенствованию форм и методов развития физической культуры и спорта для спортивных школ края, то теперь деятельность Центра более сфокусирована на информационно-аналитическом анализе физкультурно-спортивной деятельности общеобразовательных учреждений и спортивных школ. Несмотря на это Центр продолжает курировать проведение соревнований, в соответствии с календарным планом спортивно-массовых мероприятий учащихся Краснодарского края. В октябре 2011 года учреждение получило статус Государственного бюджетного учреждения Краснодарского края «Центр развития физической культуры и спорта системы образования», учредителем является Министерство образования, науки и молодежной политики Краснодарского края.
История переименований учреждения
Официальная дата открытия краевой ДСШ отдела народного образования (детская спортивная школа) – 1 апреля 1956 года.
1956 – 1969 — Краевая ДСШ отдела народного образования Краснодарского крайисполкома
1969 – 1977 — Краевая ДЮСШ отдела народного образования
1978 – 1980 — Краевая СДЮШОР отдела народного образования
1981 – 1983 — Краевая ДЮСШ отдела народного образования Краснодарского крайисполкома
1984 – 1987 — Краевая СДЮШОР отдела народного образования Краснодарского крайисполкома
1988 – 1990 — Краевая ДЮСШ Главного управления образования Краснодарского края
28.01.1991 — реорганизована в Краевой детско-юношеский клуб физической подготовки Главного управления образования Краснодарского края
28.12.1992 — переименован в Краевой детско-юношеский клуб физической подготовки «Маугли» Главного управления образования Краснодарского края
22.06.1999 — реорганизован в Краевой детско-юношеский учебно-методический центр развития физической культуры и спорта ДОН
08.12.1999 — реорганизован в Краевую детско-юношескую спортивную школу департамента образования и науки Краснодарского края
23.07.2004 — реорганизовано в Государственное учреждение дополнительного образования « Краевая специализированная детско-юношеская спортивная школа олимпийского резерва «Юность России» департамента образования и науки Краснодарского края
30.08.2006 — переименовано в Государственное учреждение Краснодарского края дополнительного образования детей «Специализированная детско-юношеская спортивная школа олимпийского резерва «Юность России»
19.11.2007 — переименовано в Государственное учреждение дополнительного образования детей специализированная детско-юношеская спортивная школа олимпийского резерва «Юность России» Краснодарского края
16.09.2010 — переименовано в Государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей специализированная детско-юношеская спортивная школа олимпийского резерва «Юность России» Краснодарского края
31.12.2010 — реорганизовано в Государственное учреждение Краснодарского края «Центр развития физической культуры и спорта системы образования» г. Краснодар
10.10.2011 — переименовано в Государственное бюджетное учреждение Краснодарского края «Центр развития физической культуры и спорта системы образования» г.Краснодар
19.01.2021 — изменение типа организации на казённое.